Atual Diretoria do SINJUFEGO se posicionou contra o imposto sindical que já era cobrado dos servidores da Seção Judiciária Federal, em especial quando se tributa os filiados que já contribuem com a manutenção do sindicato da categoria. Em 2011 e 2012, após aprovação em Assembleia Geral, a cota parte que ingressou para o sindicato foi devolvida aos filiados. Contra a exigência, o SINJUFEGO impetrou ação judicial coletiva, mas esbarrando na jurisprudência contrária do CJF que entendia ser devido o imposto.

Diante da impopularidade do imposto sindical e das reclamações de parte das entidades representativas dos servidores públicos, o Ministério do Trabalho e Emprego (MTE) publicou no dia 15 de janeiro, no Diário Oficial da União, seção I, página 56, a Instrução Normativa Nº 1, de 14 de janeiro de 2013, tornando sem efeito a Instrução Normativa Nº 01, de 30 de setembro de 2008, que determinava o recolhimento da contribuição sindical pelos servidores públicos.

De acordo com o MTE, a suspensão da norma foi expedida após análise da matéria por parte da Consultoria Geral da União e também da Consultoria Jurídica do próprio Ministério e ainda, levando-se em consideração que tramita no Congresso Nacional decreto legislativo destinado a sustar tal Instrução Normativa, com fundamento no excesso do exercício do poder regulamentar, conforme está previsto no art. 49, V, da Constituição Federal.